تتولى الإدارة العسكرية ومجلس السلم والأمن العربي بجامعة الدول العربية أعمال الأمانة العامة للاتحاد تحت رقابة رئيس الاتحاد والمكتب التنفيذي وتكون اختصاصاتها كما يلي:
- تنفيذ ومتابعة قرارات وتوصيات الجمعية العمومية والمكتب التنفيذي للإتحاد.
- توجيه الدعوة لاجتماعات الجمعية العمومية والمكتب التنفيذي واللجان المعاونة ومتابعة تنظيم البطولات والأنشطة المقررة من قِبل المكتب التنفيذي وما يتقرر عقده من مؤتمرات أو ندوات أو حلقات دراسية أو أية لقاءات أخرى.
- إعداد مشاريع جداول الأعمال والوثائق اللازمة لجميع الاجتماعات التي تعقد في نطاق الإتحاد بالتنسيق مع المكتب التنفيذي بخصوص اجتماعاته ومع اللجنة الفنية الرئيسية للاتحاد واللجان المعاونة بخصوص أعمالهم.
- إعداد البحوث والدراسات التي تطلبها الجمعية العمومية والمكتب التنفيذي، واللجان المعاونة.
- إعداد مشروع التقرير السنوي عن أنشطة ومنجزات الإتحاد بالتنسيق مع رئيس المكتب التنفيذي ورؤساء اللجان المعاونة.
- التنسيق والتحضير لاجتماعات الجمعية العمومية والمكتب التنفيذي واللجان المعاونة والاجتماعات التي تعقد في نطاق الإتحاد والقيام بأمانة سرها والاحتفاظ بوثائقها.
- تمثيل الإتحاد في الأنشطة والمؤتمرات التي يدعى إليها بعد موافقة رئيس الاتحاد والمكتب التنفيذي.
- إعداد التقرير المالي والحسابات الختامية للصندوق العربي للرياضة العسكرية من قِبل المحاسب الرسمي المعتمد من المكتب التنفيذي والمصادق عليه من طرف الجمعية العمومية.
